La Asamblea General es el máximo órgano de debate y decisión de COAG-Castilla y León; sus acuerdos y decisiones son de obligado cumplimiento. Está compuesta por los delegados de las Uniones provinciales y por los miembros de la Comisión Ejecutiva.

El número de delegados correspondientes a cada Unión provincial es proporcional a los afiliados declarados por ésta. Son funciones básicas de la Asamblea General decidir, mediante votación, la aprobación o modificación de los Estatutos, aprobar o rechazar la gestión de los demás órganos de dirección, fijar el modelo de organización interna y definir las líneas prioritarias de actuación de COAG-CyL.

La Asamblea General se reúne en sesión ordinaria cada cuatro años, y en sesión extraordinaria siempre que lo decida el Pleno.

El Pleno es el máximo órgano de gobierno de COAG-Castilla y León en el período entre Asambleas. Está compuesto por la Comisión Ejecutiva y por los representantes de cada Unión provincial, en número de uno por cada cuatrocientos afiliados o fracción. Se reúne en sesión ordinaria al menos cada dos meses, y con carácter extraordinario cuando lo decida la Comisión Ejecutiva.

A las reuniones del Pleno pueden asistir, con voz pero sin voto, los responsables sindicales de cada uno de los Sectores de producción y Áreas de Trabajo así como los responsables de la Secretaría de la Mujer y de las Juventudes de COAG-Castilla y León.

En el Pleno, cada representante asumirá los intereses de su Unión, presentando y defendiendo sus propuestas. Los intereses y propuestas de todas las Uniones deberán conjugarse buscando acuerdos que tengan consenso; cuando esto no sea posible, se decidirá mediante votación.

Las principales funciones del Pleno son: aprobar o rechazar la gestión de la Comisión Ejecutiva; velar por el cumplimiento de los acuerdos de la Asamblea, y definir los criterios a seguir en las cuestiones de gobierno ordinario; decidir los posicionamientos, programas y planes de actuación en el marco de las resoluciones de la Asamblea y de los fines de COAG, así como aprobar el presupuesto y las cuentas anuales y, en general, la actuación económica de la organización.

La Comisión Ejecutiva es el órgano permanente de dirección, administración y representación de COAG-Castilla y León. Está compuesta por seis miembros elegidos por la Asamblea General, y por el Coordinador. La Ejecutiva actúa de forma colegiada y responde de su actuación ante la Asamblea y el Pleno. Se reúne al menos una vez cada treinta días, y siempre que el Coordinador lo considere necesario o lo soliciten tres de sus miembros.

Son las principales funciones de la Comisión Ejecutiva la representación externa e interna de COAG-Castilla y León y la adopción de acuerdos relativos a la gestión ordinaria de la misma, proponiendo al Pleno los programas de actuación; igualmente, velar por el buen funcionamiento de los servicios

La Comisión Ejecutiva nombra entre sus miembros un Responsable de Organización y un Responsable de Economía. El resto de miembros de la Ejecutiva asumen las responsabilidades de las Áreas de Organización que se establezcan, entre ellas, las de Agricultura y de Ganadería para el seguimiento de la política sectorial.

El Coordinador de COAG-Castilla y León es elegido por la Asamblea General. Es el representante legal e institucional de la organización, siendo su portavoz oficial ante la administración y ante todo tipo de instituciones, organizaciones y opinión pública.